دانشگاه امام حسین وابسته به سپاه بوده و در سال 1362 تاسیس شد. این دانشگاه جزو دانشگاه هایی است که پذیرش در آن با شرایط خاص امکان پذیر می باشد یعنی داوطلبان علاوه بر شرکت در آزمون می بایست در مصاحبه دانشگاه امام حسین نیز شرکت کرده و پذیرفته شوند. دانشگاه امام حسین در گذشته دارای دو دانشکده افسری و دانشکده جامع بود که به دلیل گسترش دانشکده افسری به دانشگاه افسری ارتقا یافت. این دانشگاه در گذشته به دو روش اقدام به جذب دانشجو می نمود. یکی از روش های ورود به دانشگاه افسری امام حسین شرکت در کنکور سراسری و روش دیگر آن شرکت در آزمون های داخلی دانشگاه افسری بود که تحت نظارت سپاه برگزار می گردید. طی چند سال اخیر، دانشگاه امام حسین دیگر از طریق کنکور سراسری دانشجو نمی پذیرد و تنها راه ورود به دانشگاه افسری شرکت در آزمون های داخلی سپاه می باشد. در ادامه این مطلب به شرایط ثبت نام دانشگاه امام حسین 99 خواهیم پرداخت.

دانشگاه امام حسین تنها از میان داوطلبان مرد مجرد دانشجو می پذیرد.